Германскиот окупатор по влезот во Кралството Југославија, на 28 април 1941 година започнал со организација на военоуправниот окупациски систем во нишката област. Со Наредбата број 1 била формирана Фелдкомандатурата 809 Ниш, која ја опфаќала територијата на некогашната нишка административна област. Оваа команда под надлежност ги имала Лесковац, Ниш, Крагуевац, Заечар и Косовска Митровица.

Официјално, логорот Црвен Крст е формиран на 9 април 1941 година, како привремен логор за сместување на заробениците на југословенската кралска војска.

Логорот бил сместен во објектите на српската војска кои до окупацијата биле користени како воени магацини, во индустриската зона на Ниш. Бидејќи бил лоциран во непосредна близина на железничката станица ,,Црвен крст‘‘ во Ниш, по неа го добил и името. Бил формиран од шефот на Гестапо во Ниш, СС капетанот Хајнрих Брант, кој бил потчинет на заповедникот на СИПО и СД (Делатна група службе безбедности и полиције безбедности), полковникот Шефер.

Логорот во својот состав имал и место за стрелање - Бубањ. Бубањ пред војната бил користен како полигон на кој војската на Кралството Југославија изведувалa боеви гаѓања. Со доградба на барака претворен е во место за стрелање на кое биле убивани од логорот Црвен крст и другите затвори во околината на Ниш. Затворениците биле стрелани во вторник и петок, а потоа закопувани во јами.

Црвен крст, во текот на војната бргу се празнел, но уште побргу се полнел со нови затвореници. Оние кои не биле стрелани во Бубањ, биле носени во логорите низ Европа (Германија, Австрија и Норвешка). Патот за интернација од логорот Црвен крст одел преку логорите Бањица и Сајмиште во Белград или пак директно.

Во логорот освен Евреи, комунисти и учесници во народнослободителното движење, имало и заробеници кои биле апсени во бројните рации во Ниш и околината. Сите биле праќани во логорот со стеротипни образложенија ,,како опасни за јавната безбедност, редот и мирот во земјата‘‘. Кон затворениците во логорот не се постапувало еднакво. Постоеле пет категории затвореници кои биле различно третирани.

На првата категорија и припаѓале заробеници кои биле стрелани во знак на одмазда. За еден убиен окупаторски војник, биле стрелани 100, а за еден ранет 50. Меѓу заробениците имало и угледни граѓани од нишката чаршија.

Втората категорија затвореници биле Евреите кои во логорот биле носени како ,,пониска‘‘ неариевска раса. Тие во логорот биле само привремено, потоа дел од нив биле депортирани, а често и масовно стрелани во Бубањ. Додека биле во логорот работеле различни работи, вклучувајќи го и копањето на масовните гробници во Бубањ. По уништувањето на еврејската заедница во Ниш, Ромите продолжиле да ја работат оваа работа.

Третата категорија затвореници биле лицата уапсени поради сомнеж за соработка со учесници во Народнослободителното движење. Оваа категорија затвореници биле стрелани заради одмазда или биле интернирани во Германија и Норвешка. Заробените партизани биле под деноноќен надзор и биле стрелани во текот на првите масовни егзекуции.

Во четвртата категорија затворенци во логорот спаѓале четниците под команда на Дража Михајловиќ.

На петтата категорија затвореници во логорот и припаѓале странците од Полска, Франција, Грција, припадници на движењето на отпорот, заробени сојузнички пилоти, членови на англиските воени мисии, црвеноармејци, предвоени југословенски поданици кои му припаѓале на движењето на отпорот и Евреи емигранти. Во текот на 1943 и 1944 година имало и мали групи Англичани и Руси кои биле заробени по воздушните борби. Оваа категорија заробеници била најмалубројна и тие не биле стрелани, зошто Германците во овој случај ја почитувале Женевската и Хашката конвенција за постапување со воени заробеници. Меѓутоа, окупаторите не воделе сметка за прецизно дефинирање на затворениците, па често се случувало да не бидат стрелани само лицата од прва и втора, туку и од трета и четврта категорија.

Логорскиот комплекс се протегал на 1.40 хектари, а се состоел од главна зграда на затворот, двор, три помошни згради, четири стражарски куќички, две кули за набљудување и други две кули. Компелксот бил ограден со бодликава жица и добро осветлен. Ваков изглед имал се до бегството на затворениците во 1942 година, кога биле воведени дополнителни безбедносни мерки. На прозорците на приземјето биле ставени железни решетки, на вратите железни лостови и уште две кули за набљудување. На поткровјето на зградата биле изградени 19 самици, обележани со броеви. До бегството логорот бил опколен со бодликава жица, а по бегството целиот комплекс бил ограден со висок ѕид.

Поради големата тортура и стрелањето на затворениците од логорот, на 12 февруари 1942 година, се случило бегството на 105 затвореници.

Фелдкомандантурата во Ниш, за да се одмазди за 11 убиени стражари во текот на бегството, наредил да се стрелаат затвореници од логорот и од затворот. Неколку дена подоцна, на 17 февруари, биле стрелани 584 затвореници, потоа сите Евреи мажи и еден дел од Ромите. Вкупно биле стрелани 850 луѓе. Во логорот останале околу 150 затвореници.

На 2 декември 1942 година се случило уште едно бегство на 6 затвореници. Иницијативата за бегството потекнувала од заробени партизанки сместени во женската соба и неколку партизани.

Бегствата од логорот, загубите кои ги трпеле на различни фронтови и отпорот на поробениот народ, предизвикале бес кај нацистите и во следните неколку месеци тие продолжиле со одмаздите.

На почетокот на септември 1944 Германците не можеле да го издржат притисокот на ослободителите на Ниш, кој растел од ден во ден. Штабот на дивизијата ,,Принц Еуген‘‘ планирал нов распоред на силите и пренесување на командата од Ниш во Крушевац. Во текот на тие подготовки, наредено е да се расформира логорот.

Непосредно пред да биде расформиран логорот и пред да си оди Гестапо од Ниш, на 14 септември 1944 година, била стрелана последната група затвореници во логорот, на северната страна од логорскиот круг.

По Втората светска војна, Народноослободителниот одбор вршел ископување во кругот на логорот и ексхумирал вкупно 36 лешеви, 10 женски и 26 машки.

Според некои податоци околу 30.000 луѓе поминале низ овој логор, од кои 10.000 биле убиени во Бубањ. Досега се утврдени имињата на 3.550 стрелани луѓе до 14 септември 1944 година. За да го прикријат ова злосторство, Германците ги палеле посмртните останки на стреланите во Бубањ.

По завршувањето на Втората светска војна собран е обемен материјал за логорот и затворениците. На 12 февруари 1967 година, на 25 годишнината од бегството на затворениците, во зградата на логорот, отворена е првата поставка. Зградата на логорот во 1969 станува Меморијален комплекс ,,12 февруари‘‘.