Логорот „Топовске шупе“ во Белград бил сместен во поранешни воени објекти т.н. Автокоманда, кои се наоѓале во населбата Вождовац. Веднаш по нацистичката окупација на Кралството Југославија, овие воени објекти најпрво биле пренаменети во сместувалишта за бегалци од воените дејствија. Од моменетот кога овој транзитен логор почнал да работи во средината на јули 1941 година, најпрво биле депортирани мажи Евреи од Банат, чија бројка според различни извори изнесувала од 2 000 до 4 000 луѓе. Затворените Евреи биле сместени во две двоспратни згради кои биле преадаптирани поранешни коњушници, во кои биле направени инпровизирани легла од штици, а самите објекти биле оградени со бодликава жица и висока дрвена ограда која ги одвојувала од останатите објекти од воениот комплекс кои биле користени од германската нацистичка војска. Обезбедувањето и командувањето на логорот го вршела германската нацистичка војска.

Од септември 1941 година германските нацистички власти започнале со стрелање на затворениците од логорот „Топовске шупе“. Најпрво во помал обем, а од октомври истата година започнале и со масовни убиства. Најголем дел од овие убиства биле одмазнички акции на германската нацистичка војска заради загинати нејзини војници ширум Србија.

Во една од наредбите од 4 октомври 1941 година, по наредба на германскиот нацистички генерал Беме, како одмазда за 21 загинат германски војниик било наредено стрелање на 2 100 затвореници од кои најголем дел биле од логорите во Шабац и Белград. Со цел да ги прикријат злосторствата германските нацистички власти известувале дека ги транспортираат затворените Евреи во работни логори во Австрија, а често го менувале и местото за ликвидација.

До ноември 1941 година во логорот „Топовске шупе“ останале од 200 до 300 преживеани Евреи. Во истиот период, со цел „конечно решавање на еврејското прашање“ во Србија, германските нацистички власти донеле одлука за отворање на нов логор сместен на белградскиот саем, по што во почетокот на декември 1941 година биле интернирани преостанатите еврејски жени и деца, како и преживеаните од логорот „Топовске шупе“ и сите заедно биле сместени во логорот „Сајмиште“. По целосното префрлање на Евреите во логорот „Сајмиште“, транзитниот логор „Топовске шупе“ бил вратен во првобитна состојба и објектите биле адаптирани за потребите на германската нацистичка окупаторска војска.